来自陈玲玲实验室的热点解读(二)

来源:澳门巴黎人棋牌日期:2020-06-03 17:24 浏览:

本期BMC前沿视角我们有幸邀请到了Genome Biology编委陈玲玲研究员及其实验室成员为我们解读最近发表在Genome Biology,Molecular Cancer,Nature biotechnology,Genome Medicine,BMC Biology的八篇重要文献,以飨读者。

该期内容涵盖基于CRISPRi的放疗筛选鉴定胶质瘤中潜在的可作为治疗靶点的长链非编码RNA;通过对表观基因组进行靶向去甲基化,成功建立表观遗传疾病模型小鼠; 对150个RNA结合蛋白的增强CLIP数据分析系统性地揭示了RNA结合蛋白调控RNA加工规律;2F1和EIF4A3介导的circRNA circSEPT9促进三阴性乳腺癌的发生和发展;基于CRISPR–Cas12的SARS-CoV-2检测方法;双相情感障碍患者大脑类器官的全转录组分析及功能研究;Hi-D:纳米水平勾勒单个活细胞的细胞核动力学;细胞分化过程中细胞核大小及DNA的可及性参与调控旁斑的形成。

图1

陈玲玲实验室简介

陈玲玲的实验室主要研究长非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs),这是一类长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA分子。她的团队通过创建无poly(A) 转录组纯化和分析体系,发现了小核仁RNA结尾的具有特殊结构的长非编码RNA家族,也和国际上其他实验室相继报道了环形RNA在哺乳动物细胞基因组中普遍存在。更重要的是,这些具有特殊结构的编码RNA在基因调控和人类疾病中有着密切的相关作用。她的团队将继续深入研究这些长非编码RNA的生成加工以及它们在人类健康和疾病中作用的机理,关于陈玲玲研究组的更多内容请见

陈玲玲研究员目前是Cell、Cell Chem Cell、Genome Biol、RNA、Trends Cell Biol、Trends Genet 等期刊的编辑委员会的成员。她在2017年被选为霍华德·休斯医学研究所(Howard Hughes Medical Institute,HHMI)国际研究员。

感谢陈玲玲实验室以下成员对本期内容作出主要贡献:

前排:郭纯洁,陈玲玲,李响(PhD),刘楚霄(PhD)

后排:姚润文,王洋,蒋望(PhD)

点击链接 了解陈玲玲实验室更多介绍

本期文章解读

#5. Title: CRISPR–Cas12-based detection of SARS-CoV-2

First Author: James P. Broughton

Correspondence Author: Janice S. Chen & Charles Y. Chiu

Letter|Nature biotechnology

Date: 2020-04-16

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由SARS-CoV-2感染造成的COVID-19已经迅速传播并造成全球大流行。截至2020年5月3日,全球共报告感染病例超过330万例,死亡病例超过24万例。目前,疾病控制与预防中心(CDC)确诊感染病例的金标准是通过定量RT-PCR(qRT-PCR)检测SARS-CoV-2。但是,该方法耗时4?6 小时,且需要进行多步操作,包括RNA提取、逆转录、扩增等。此外,体积庞大且笨重的检测仪器也限制了qRT-PCR方法在SARS-CoV-2检测上的应用。Broughton团队提出了一种基于CRISPR–Cas12的SARS-CoV-2检测方法,可用于对提取的患者样本RNA进行初步验证,称为靶向SARS-CoV-2 DNA的核酸内切酶CRISPR反式报告系统(DETECTR)。DETECTR首先对提取的RNA同时进行逆转录和环介导等温扩增(RT-LAMP),随后使用Cas12通过切割的方式检测样本RNA中是否含有已公布的的冠状病毒序列,该过程大约耗时40 分钟。最后,结合侧向层析试纸,DETECTR可以提供高精度的定性结果。这种基于CRISPR–Cas12的检测方法能够简单、快速地确认是否感染SARS-CoV-2,将为实验室以外的即时检验提供便利。

COVID-19, the disease associated with SARS-CoV-2 infection has rapidly spread as a global pandemic. There are more than 3.3 million reported cases and over 240,000 death worldwide as of 3rd May 2020. Till now, quantitative RT–PCR (qRT–PCR) for detection of the virus in 4~6 h has become the golden standard for infection confirmation by Centers for Disease Control and Prevention (CDC). However, a series of steps are needed including RNA extraction, reverse transcription, amplification for acquiring quantitative results. Additionally, bulky instruments also limit the application of qRT-PCR method in populated areas. Broughton et al. have provided a CRISPR–Cas12-based SARS-CoV-2 detection for initial validation of extracted patient sample RNA, called SARS-CoV-2 DNA Endonuclease-Targeted CRISPR Trans Reporter (DETECTR). DETECTR takes about 40 min to perform simultaneous reverse transcription and isothermal amplification using loop-mediated amplification (RT–LAMP) with extracted RNA, followed by Cas12 detection of predefined coronavirus sequences, after which cleavage of a reporter molecule confirms detection of the virus. Coupled with lateral flow visual readout, DETECTR could provide qualitative results with high accuracy. This CRISPR–Cas12-based detection method enables a simple and fast confirmation of SARS-CoV-2 infection, which will likely benefit point-of-care testing in clinics beyond laboratories.

#6. Title: Transcriptome analysis and functional characterization of cerebral organoids in bipolar disorder

First Author: Annie Kathuria

Correspondence Author: Rakesh Karmacharya

Research article|Genome Medicine

Date: 2020-04-19

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